Pagal Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1990 m. rugsėjo 25 d. sprendimą Nr. 17-12587, buvo reorganizuota Vyriausioji valstybinės nežinybinės ekspertizės valdyba ir 1990 m. gruodžio 17 d. perregistruota į Valstybinę projektų ekspertizės valdybą, priklausančią Statybos ir urbanistikos ministerijos reguliavimo sferai. 1995 m. kovo 15 d. Valdyba buvo perregistruota į valstybės įmonę Projektų ekspertizės valdyba. Valstybės įmonės Projektų ekspertizės valdyba pavadinimą pakeitus į valstybės įmonė „Projektų ekspertizė“, šios įmonės įstatai, 1998 m. vasario 26 d. įregistruoti Vilniaus miesto valdybos Rejestro tarnyboje. 2000 m. birželio 19 d. LR Vyriausybės nutarimu Nr. 698 valstybės įmonė „Projektų ekspertizė“ reorganizuota į uždarąją akcinę bendrovę „Projektų ekspertizė“, kurios akcijas patikėjimo teise valdo Lietuvos Respublikos aplinkos ministerija.
Bendrovės pagrindinė veikla – inžinerijos veikla ir su ja susijusios techninės konsultacijos, naujai statomų ir rekonstruojamų bei remontuojamų statinių projektų bendroji ir dalinė ekspertizė bei statinių ekspertizė.